Die Schulentwicklungspläne im alten Landkreis Heidelberg sahen seit den sechziger Jahren Neckargemünd als Standort eines Gymnasiums und bald auch einer Realschule vor. Die Pläne wurden seit 1967 verwirklicht. Das Gymnasium Neckargemünd entstand in mehreren Bauabschnitten bis 1984 und bildet zusammen mit einer Realschule ein Schulzentrum.

Am 2. Juni 2003 wurde die Schule durch eine Brandkatastrophe fast vollständig zerstört.

Fünf Jahre lang (Sommer 2003 – Frühjahr 2008) war das Gymnasium Neckargemünd darfaufhin in einem sogenannten “Containerdorf” im Menzer-Park untergebracht. Das ehemalige Rathaus der Stadt Neckargemünd, die Menzer-Villa wurde zum Verwaltungsgebäude umfunktioniert.

Während der Pfingtferien 2008 fand der planmäßige Umzug in das neue Schulgebäude statt, das am urspünglichen Standort neu errichtet wurde.

Seit Montag, den 26.05.08 findet der Unterricht im neuen Gebäude statt.